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深海科學與工程研究所
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長江江豚全基因組序列研究

文章來源:撰稿/劉明明 圖片來源/劉明明  |  發(fā)布時間:2018-10-29  |  【打印】 【關閉

  長江江豚不僅是全世界唯一一種生存于淡水環(huán)境的鼠海豚,也是長江流域唯一現(xiàn)存的水生哺乳動物(2007年白鱀豚功能性滅絕)。自上世紀九十年代以來,長江江豚的數(shù)量呈現(xiàn)出持續(xù)性的衰減趨勢,2017年最新調(diào)查顯示其野外種群數(shù)量已跌至一千頭左右。考慮其嚴峻的受威脅程度,長江江豚已被提升為國家一級保護動物。深海所海洋哺乳動物研究團隊對長江江豚進行了全基因組測序,組裝了2.22 Gb的基因組草圖,其contig N50scaffold N50值分別為46.69 kb 1.71 Mb,并進一步鑒定了887.63 Mb的重復序列和預測了18479個蛋白質(zhì)編碼基因。系統(tǒng)發(fā)育樹顯示:同域分布的長江江豚和白鱀豚大約于2084萬年前分化。通過與其他10種哺乳動物的基因組進行比較,我們在長江江豚全基因組中檢測到44種特異性基因家族,164種擴增基因家族和313種正選擇基因。本研究所使用的基礎序列和組裝序列均可在國家生物技術信息中心查詢(BioProject?PRJNA433603)。 

  Yuan, Y., Zhang, P. (張培君), Wang, K., Liu, M. (劉明中), Li, J., Zheng, J., Wang, D. Xu, W. Lin, M. (林明利), Dong, L. (董黎君), Zhu, C., Qiu, Q.* & Li, S.* (李松海) (2018). Genome sequence of the freshwater Yangtze finless porpoise. Genes, 9(4), 213. 

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